ddPCR 技術は、核酸サンプルを水油エマルジョン内で一定の体積に数万個の微小滴に分割することをベースにした技術です。標的核酸配列は、標準的な TaqMan® プローブベースのアッセイで使用されるのと同様のワークフローと試薬を用いて、それぞれの微小滴内で増幅されます。増幅後の蛍光検出に基づいて各液滴をカウントし、PCR 陽性または PCR 陰性としてスコア付けされます。元のサンプル内の標的 DNA/RNA テンプレートの濃度（コピー/µl）は、ポアソン分布を用いて定量化されます。1,2
ddPCR は、標準曲線やリファレンス標準から外挿することなく、サンプル量あたりの核酸配列の絶対量を測定することができます。qPCR では検出できないような非常に少ないサンプル量でも、わずかな変化を検出することができます。ddPCR の結果は、各サンプルについて数千ものデータポイントがあるため、qPCR の結果よりも正確で感度が高く、精密です。
ddPCR は、ctDNA、cfDNA/RNA、mRNA、rRNA、snRNA、snoRNA、miRNA、siRNA など、プライマーやプローブが構築可能なあらゆる種類の DNA や RNA 配列を検出することができます。
ddPCR では、細胞や組織の溶解物、組織、生体液（血液、脳脊髄液、涙、尿、唾液など）、細胞上清、合成核酸製剤など、DNA や RNA 配列を含むあらゆるサンプルが使用できます。
qPCR と同様、通常の測定に要する時間は約 4 時間です。ddPCR のワークフローでは、数万個のナノリットル・サイズの油微小液滴を作成するための追加のステップが必要です。ただし、このステップにかかる時間は、ddPCR リーダーのデジタル分析が簡略化されたことで、相殺されます。
抽出/分離/精製された DNA/RNA からなるサンプルは、Bio-Rad QX200 ddPCR システムですぐに実行・分析することができます。細胞上清および細胞/組織溶解物は、ddPCR アッセイを実行する前に、DNA または RNA を抽出/分離/精製する必要があります。ラボコープのラボスタッフの安全を確保するため、組織、生体液、細胞上清は、ラボコープのラボで取り扱われる前に、病原体検査を実施する必要があります。さらに、すべてのヒト由来の物質（組織または体液）、微生物・ウイルス、またはバイオハザード汚染の可能性がある生物システムで作成された製品、組換えおよび/または合成核酸分子については、取り扱い前に、バイオセーフティ登録フォームに記入し、ラボコープ PCOバイオセーフティ委員会による承認を受ける必要があります。
ラボコープ PCOでは、ddPCR 用にサンプルを発送する前に DNA/RNA を抽出/分離/精製しない場合、細胞や組織サンプル中の核酸を核酸保存液（RNAlater®、DNA/RNA ShieldTM、RNAprotect® など）で保護/安定化/保存してから凍結して発送することを推奨しています。
すべてのサンプルは、ドライアイスを入れた断熱箱に入れて凍結状態で発送する必要があります。
1. QX200 Droplet Digital PCR system（ドロップレットデジタルシステム）. BIO-RAD. https://www.bio-rad.com/en-us/life-science/digital-pcr/qx200-droplet-digital-pcr-system.
2. Taylor SC, Laperriere G, Germain H. Droplet Digital PCR versus qPCR for gene expression analysis with low abundant targets: from variable nonsense to publication quality data（低量ターゲットでの遺伝子発現解析におけるドロップレットデジタル PCR と qPCR の比較: 可変ナンセンスから論文品質データまで）. Sci Rep. 2017;7:2409. doi:10.1038/s41598-017-02217-x.
